Sonic، Knuckles، و Tails در برابر یک دشمن قدرتمند جدید، Shadow، یک شرور مرموز با قدرتهایی متفاوت میشوند که قبلاً با آنها روبرو شدهاند. تیم سونیک با بیش از تواناییهایشان باید به دنبال یک اتحاد بعید باشد.